小龙虾繁育池使用的有机肥及虾苗孵化出来后投喂的未被食用的饲料很容易造成池塘水质的恶化，定期使用微生态制剂，可以避免虾苗池水质的恶化。小龙虾繁育池常用的微生态制剂是光合细菌。使用光合细菌的适宜水温为15~40°C、最适水温为28~36°C，因而宜掌握在水温20°C以上时使用，阴雨天光合作用弱时不要使用。使用时应注意以下几个方面。
⑴根据水质肥痩情况使用 水肥时施用光合细菌可促进有机污染物的转化，避免有害物质积累，改善水体环境和培育天然饵料，增加水体溶解氧；水痩时应先施肥满足小龙虾苗种对天然饵料的需求，再使用光合细菌防止水质恶化。此外，酸性水体不利于光合细菌的生长，应先施用生石灰，调节pH值后再使用光合细菌。
(2)酌量使用 光合细菌在水温达20°C以上时使用，调节水质的效果明显。使用时，.先将光合细菌按5~10克/米3用量拌肥泥均匀撒于虾池中，以后每隔20天用2~10克/米3光合细菌兑水全池泼洒；也可以将光合细菌按饲料投喂量的1%拌入饲料直接投喂；疾病防治时，可定期连续使用，每次用光合细菌水剂5~10毫升/米3兑水全池泼洒。
(3)避免与消毒杀菌剂混施光合细菌制剂是活体细菌，任何杀菌药物对它都有杀灭作用。因此，使用光合细菌的池塘不可使用任何消毒杀菌剂，必须使用水体消毒剂时，须在消毒剂使用3天后再使用光合细菌。
