自然孵化是指在自然温度下，由抱卵虾依靠其天然护卵、护幼的习性，将受精卵孵化成为仔虾的孵化行为、自然条件下，受精卵的孵化主要是由雌亲虾携带在洞穴中完成。
由于孵化时间较长，雌亲虾除偶尔出洞觅食以外，大部分时间都在不断地划动游泳肢，带动受精卵在水中来回摆动，既解决受精卵局部溶解氧气不足的问题，又能及时清除坏死卵，因而孵化率较高。
实际生产中，创造了雌亲虾优越的生活坏境，雌亲虾的活力就强，腹部的受精卵自然就得到了雌亲虾的精心呵护，具体做法如下：
1、保持水位稳定，大部分小龙虾的洞穴都分布在水位线上30厘米以内，洞口开在水位线以上，洞底通往水位线以下，洞穴始终处于半干半水状态，水位稳定，可以保护洞穴半干半水状态，促进受精卵的孵化进程。
2、保持洞穴温度，冬季缺水季节，或为抑制受精卵孵化进程，有意识排干池水，小龙虾洞穴完全处于无水状态，越冬期间，受精卵和亲虾有可能因寒冷的天气而死亡。
因此，应该在洞穴集中区覆盖草帘或堆放5厘米以上稻草等保温等保温性好的秸秆，防止洞穴结冰引起抱卵虾死亡。
3、保持良好的水质条件，在抱卵虾集中放养或者因水温控制不好，抱卵虾出洞栖息于池塘时，应特别重视抱卵虾优良生活环境的营造，其中水质调节最为重要，水质好，亲虾的活力就有保证，其护卵。护幼的天性才能发挥正常，受精卵的孵化率才高。
