在小龙虾养殖过程中，水色及其变化是判断水质好坏的最直观指标。水色是水中浮游生物数量、种类的综合反映。好的水色具有“肥、活、嫩、爽”四大特色，表明藻类繁殖活力强、溶氧充足，酸碱度适宜，有害化学成分含量少。在一般情况下藻相与水色的关系为：
1、如果水体中主要含有硅藻、新月菱形藻、小球藻、角毛藻、三角褐指藻等，水色呈红棕色。
2、如果水体中主要含有绿藻，水体呈淡绿、翠绿色。绿藻能大量吸收氮，净化水质，也是养殖者所期望的水色。
3、如果水体中主要含有金黄藻，水体呈淡黄、金黄色，也是养虾比较好的水色。不过，暴雨后泥土注入虾塘也会使水出现黄色，要区分不同情况进行判断。
4、如果水体呈暗绿色则含蓝藻较多，如果水体呈黑褐色则含鞭毛藻、绿藻、褐藻等较多，这些都是有机质过多的征兆，是不好的水色。
5、如果水中轮虫、桡足类占绝对优势，水体就呈现白浊色。
6、如果水中浮游生物过少，水过瘦，水体呈澄清色。清水表明浮游植物大量死亡。如果纤毛虫、夜光虫较多，水呈红色，易造成缺氧、发病，这些水色都不宜养虾。
