化肥又叫无机肥，能提供微生物细胞生长繁殖所必需的营养元素。一般不建议大量在水产上使用。
养殖小龙虾为何不能用化肥肥水的原因：
(一)从简单意义上来讲化肥的营养大部分是构成藻类细胞的组成元素，所以大多数化肥有刺激藻类生长的作用。而这种不正常的细胞生长速度，同样也会令藻类很快就大量死亡。对于养殖小龙虾来讲，不仅不是好事，反而非常危险险。
(二)化肥在水中是以离子形式存在，极易被藻类直接吸收利用。所以藻类一旦生长起来，就说明之前使用的化肥也被消耗殆尽。随后没有了持续的营养供应，也容易令藻类大量死亡。这点对于要求稳定水质的养殖小龙虾也非常不利。
(三)化肥沉底会酸化底质，还能溶解土壤中的部分营养物质，使得土壤营养成分流失严重。同时还会令土壤重金属沉积、造成重金属污染。
(四)氮肥会大量消耗土壤有机质，从而导致土壤颗粒结构被破坏，土壤保水保肥及通透性降低，造成土壤板结。对于养虾中后期的底质管理危害很大。
(五)另外过多使用化肥，还会导致辐射性污染，最终这些化肥中所含的放射性物质会通过食物链对人体造成危害。
