虽然淡水小龙虾对环境的适应力及耐低氧能力很强，甚至可以直接利用空气中的氧，但长时间处于低氧和水质过肥或恶化的环境中会影响淡水小龙虾的蜕壳速率，从而影响淡水小龙虾的生长。因此，水质是限制淡水小龙虾生长，影响养虾产量的重要因素。
淡水小龙虾在不良的水质中摄食下降，甚至停止摄食，因而影响淡水小龙虾的生长。不良的水质又可助长寄生虫、细菌等有害生物的大量繁殖，导致疾病的发生和蔓延，水质严重不良时，还能造成死亡，致使养虾的失败。在高密度池塘养殖淡水小龙虾时，透明度要控制在40cm左右，按照季节变化及水温，水质状况及时进行调整，适时加水，换水，施追肥，营造一个良好的水质环境。
水位控制
淡水小龙虾的养殖水位根据水温的变化而定，掌握“春浅、夏满”的原则。春季一般保持在0.6—1m之间，浅水有利于水草的生长、螺蛳的繁育和幼虾和蜕壳生长。夏季水温较高时，水深控制在1—1.5米，有利于淡水小龙虾过高温季节。
适时换水
平时定期或不定期加注新水，原则是蜕壳高峰期不换水，雨后不换水，水质较差时多换水，一般每7天换水1次，高温季节每2—3天换水1次，每次换水量为池水的20%—30%。使水质保持“肥、适、嫩、爽”有条件的还可以定期地向水体中泼洒一定量的光合细菌、硝化细菌之类的生物制剂调节水体。
调节pH值
每半月洒一次生石灰水，用量为1米水深时，每亩10kg,，使池水pH值保持在7.5—8.5之间，同时可增加水体钙离子浓度，促进淡水小龙虾蜕壳生长。
发现水质败坏，且出现淡水小龙虾上岸、攀爬、甚至死亡等现象，必须尽快采取措施，改善水环境。具体方法：
①先换部分老水，用二氯海因0.3×10﹣6对水体进行泼洒消毒后加注新水。
②第二天用沸石粉20×10﹣6、益水宝(枯草芽胞杆菌)0.4×10﹣6泼洒。
③以后每隔5d左右，定期向水体中泼洒微生态制剂。利用有意菌种制剂，使之形成优势菌群来抑制致病微生物的种群数量、生长、繁殖和危害程度，并分解水中有害物，增加溶氧，改善水质。如施用光合细菌、硝化细菌、芽胞杆菌、酵母菌等，均能起到上述作用。
