近年来，随着规模化、集约化、商品化养殖模式的逐步普及，在小龙虾养殖过程中的细菌性疾病爆发几率越来越高，许多诸如烂鳃、肠炎、黑爪等疾病除了水体消毒以外，通常还大量使用抗生素拌料内服，以达到内外结合的治病效果。抗生素一方面确实起到了杀菌消毒，防控疾病的效果，但同时也带来了一些副作用，比如耐药性、增加肝脏负担、残留大等，
小龙虾的许多细菌性疾病都是通过直接或间接地感染细菌、真菌等引起的，如烂鳃、肠炎、水肿，鱼类的水霉、虾类的烂肢病等。利用抗生素可以有效地抑制或杀灭这些致病微生物，特别是对于一些爆发性的疾病，能够有效地缓解和预防，这也导致抗生素的大量滥用。
适量的使用抗生素，可以有效改善水生动物的肠道状况，如使嗜酸性粒细胞减少，肠道的有效吸收面积增加等，提高水产动物的消化吸收能力。
抗生素的使用能减少小龙虾对维生素、氨基酸以及矿物质的需求。研究发现，在饲料中添加抗生素可以节约维生素B1、B2、B6、烟酸、生物素等营养成分。
然而长期大量使用抗生素能导致耐药菌株的产生，使得小龙虾产生耐药性，导致抗生素的剂量越用越大，成本也增加。肝脏在动物体内起着转化和分解的作用，抗生素的频繁使用会增加肝脏的负担，导致小龙虾中后期肝脏发白、糜烂，从而引发一系列肝脏问题。
通常情况下抗生素进入小龙虾体内后会排除，只有少量残留 ，但如果小龙虾体质较差，内分泌系统失衡，加上经常大量服用，则会导致抗生素大量在体内蓄积，影响龙虾产业的生态发展。
水体中含有大量有益生物菌，如芽孢杆菌、光合细菌等，这些菌群起着调节净化水质的作用，同时河蟹肠道内也有相应数量的消化菌类，而大量长期服用抗生素会对这些有益微生物造成一定影响，抑制和杀灭部分有益菌，使得水体中机体内菌群失衡。
