淤泥是小龙虾精养塘夏秋高温季节溶氧的重要消耗者，又是小龙虾苗种的剧毒杀手—氨、亚硝酸盐、硫化氢产生的源头是一颗埋在平静水面之下的“定时炸弹”。池塘淤泥的改良意义重大。可采取以下措施：
1清淤。小龙虾苗精养塘至少三年清一次淤。虽然清淤费用较高，但可降低小龙虾种苗疾病防治费用及小龙虾苗爆发病害的概率。
2施放生石灰，根据淤泥厚度，每10厘米深淤泥每亩用生石灰100公斤。方法是池水抽至10厘米左右，生石灰用桶加水溶化后趁热遍泼全池，用钉耙把泼有生石灰的低泥翻耙一遍，使淤泥和石灰充分混合，不仅可以杀灭病菌及病原体的中间寄主，还可以中和淤泥中的有机酸、硫化氢等，改变酸性环境，使淤泥呈弱碱性，有利于小龙虾种苗在水底退壳摄食，另外还能使混浊的池塘澄清，使悬浮的胶体有机质胶结沉淀，增强池水光合作用，产氧的能力。
3日晒和冰冻。风吹日晒，并经过冬季的冰冻，对改良底质有良好的效果，淤泥经过风吹、日晒、冰冻，变的比较干燥疏松，与空气接触面增加，淤泥中有机物大量分解，消除有害的还原性中间产物，为翌年改善溶氧状况和改良水质创造条件。
4施用光合细菌或黑底快消等生物药剂。人工施用光合细菌等改底生物药剂是近年来生态净化池水底质的有效途径，从而减轻淤泥的危害。
