1. 新挖稻田 新开挖的稻田，由于田沟土壤贫瘠，水中营养物质少，底质坚硬，一般很难肥水，可以在稻田开挖后及时上水，施用经充分发酵的有机肥，也可直接加重施用生态渔肥，即可解决这一问题。
2. 田埂有渗漏的稻田 稻田渗水比较严重，水质不稳定，水中的营养元素都会随渗出的水流失，所以水质不好肥。解决这一问题的最好办法就是堵塞漏洞，夯实田埂，加宽埂基，保持加入的田水不外流。
3. 温度过低 不同的藻类对温度的需求也有所不同，过低的温度会造成新陈代谢缓慢，藻类长起不来。寒冷的冬季，水体结冰，雪花飘舞，水温太低，即使肥水，也不会起作用。可以在水温达到 8℃以上时开始肥水，就会达到预期的效果。
4. 光照不够 阴雨天光照不足或水面有覆盖物，光合作用弱，藻类生长繁殖速度缓慢，一般在连续两个晴天后，水就可以肥起来。水面有杂物或漂浮物，应提前捞除，否则都会影响肥水效果。
5. 青苔、丝藻等大型藻类或者杂藻过多 青苔、丝藻等过多的话不能肥水，因为大型藻类能够与小型藻类竞争营养物质，抑制单胞藻的繁殖和生长。此时肥水不但肥不起来还会使大型藻类大量繁殖，从而水更不好肥。可以事先将他们捞去，也可用青苔净、腐殖酸钠等药物灭杀或抑制其生长。
6. 浮游动物过多 这些浮游动物包括原生动物、桡足类、枝角类、轮虫等，它们过多的话，肥起来的小型藻类都会被它们所摄食，从而水体会变得更淡。发现这种情况，可以事前用阿维菌素、伊维菌素等杀虫药杀灭后再肥水。
7. 水体残留毒素过多 药物残留、重金属残留等都会影响肥水效果，过量使用毒副作用较大的消毒剂或重金属浓度过高的农药会将藻类和微生物杀灭而导致其无法繁殖和生长，可以先使用万能解毒、硫代硫酸钠、硫酸铝钾、高效解毒活水爽等解毒后再肥水。有时候甚至解两遍、三遍毒才能使水肥起来，一定要有耐心。
8. 缺乏藻种 新开挖的稻田或从水源较瘦的水体取水，由于原水体中藻类少，可以把老塘藻相较好的水引进，或者用氨基酸精华素、小球藻等含有藻种的产品，再结合生态渔肥使用，水体就会肥起来。
9. 螺、蚌等的影响 螺蛳、河蚌太多会吃掉大量的藻类，使水体变瘦。螺蛳太少或者小野杂鱼过多会引起水质浑浊，也能使田水不好肥，应根据具体情况采取不同的对策。
10. 水体比较浑浊 水中的悬浮物过多，用在水中的营养元素都被悬浮物吸附，从而不能被藻类所吸收，所以水肥不起来。针对这种情况，可以使用净水神、净水灵等净水产品净水，并结合芽孢杆菌、EM 菌等有益微生物使用后再肥水。
11. 水体有机质过多 水中有机质过多不分解就会使藻类缺乏营养元素。有机质过多还会造成水体透明度减小，氨氮，亚盐偏高，底质有机质发生厌氧分解，有害菌滋生等现象。可以先用吸附性的产品将过多的有机质吸附到塘底，再进行改底。有机质过多要注意增氧，防止浮头。
12. 水位过深 小龙虾稻田养殖应做到浅水肥水，水位过深，水体容量大，水温相对较低，水体凉性大，会抑制藻类的生长，水质难肥。肥水时，应适当降低水温，让浅水经阳光曝晒几天后再肥水。
此外，池塘缺乏藻类必需的营养元素，pH 过高或者过低等情况，都会引起水质难肥的状况发生，应根据具体情况采取不同的对策。
