在小龙虾养殖过程中，疾病预防是一项很重要的工作。在实际养殖中，主要抓好以下几项预防措施。
养殖池塘消毒 在虾种放养前，应对养殖池塘进行彻底清塘，杀灭池塘中的病原体。通常排干池水后用二氧化氯（一袋500g用1亩/米水深）全池泼洒，并搅拌淤泥。
水草消毒 虾塘中移植移栽的水草，应先消毒后再栽种。通常用10微升/升的高勐酸钾溶液浸泡10分钟。
虾体消毒 在小龙虾投放前，先对虾体进行消毒，常用方法是3%~5%的食盐水浸泡5分钟。
工具消毒 凡是在养殖过程中使用的工具，都必须进行消毒后方可使用。消毒时一般用15微升/升的高勐酸钾溶液浸泡10分钟以上。尤其是接触过病虾的工具更应隔离消毒，专池专用。
饵料消毒 投喂鲜活饵料时，必须经过严格的消毒程序。一般先洗净去污，然后用5%的食盐水浸泡5分钟后再投喂。如投喂冰鲜鱼，则须将冰鲜鱼解冻后洗净消毒后投喂。
控制水质 保持水质清新，在6~9月高温季节，每7~10天加注新水一次，每次加水深20到30厘米。减少粪便和污物在水中分解产生的有毒有害物质。早春和晚秋也要每隔10到15天加新水一次，每次20到30厘米。
生物防治 保持水质“肥、活、嫩、爽”。保持水质也要用生物调节。每个10天全池泼洒我公司生产的微生态制剂（菌优、诺达水爽、优益菌、EM原露等）一次或使用精品底改一次，消除水体中的氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质，保持池水的酸碱平衡和溶氧平衡，使水环境处于良好状态。
提供良好的生态环境 主要是提供小龙虾生长所需的水草，一是人工种植水草，二是利用天然生长的水草，三是利用水稻等人工种植作物。
