小龙虾的疾病主要有生物因子和非生物因子引起的两大类。非生物因子引起的疾病是指缺氧、温度过高或过低、龙虾养殖水体的pH值过高或者过低、农药及其他有毒有害物质对水体的污染引起的疾病。生物因子引起的疾病是指病毒、细菌、真菌、原生动物等有害病原体引起的疾病，及小龙虾养殖过程中由于饲料投喂不足而引起的营养不良和操作不当引起的应激性反应等疾病。疾病是一个复杂的生理过程，很多疾病都是上述两类因子协同作用的结果。由于追求最大的养殖效益，放养密度可能会比较大，因此需注意加强疾病的预防。
在小龙虾养殖生产的过程中，防病防害的主要措施有以下几个方面：
一、在放养龙虾种苗前，池塘要进行严格的消毒处理，就是我们常说的清塘;
二、放养虾苗时用3-4%的食盐溶液浸泡10分钟，进行虾体消毒，浸泡时可以晃动容器以便达到更好的消毒效果;
三、加强池水水质管理，定期加注新水，调节池水水质。有条件的可定期用生石灰全池泼洒，或定期泼洒光合细菌，消除养殖水体中的氨氮、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质，保持池水的酸碱度和溶氧水平的平衡，使水体中的物质始终处于良性循环状态，解决池水老化等问题。一般在小龙虾养殖中后期每个月施用一次光合细菌，每次用量为使池水成每立方米水体5-6克的浓度;
四、投喂的饲料要新鲜，不投喂腐败变质的饲料，在配合饲料中可添加光合细菌及免疫剂;
五、进排水口和池埂上要设网片，严防敌害生物进入，如发现虾池中有鲶鱼、蛙、蟾蜍、水蛇、泥鳅、黄鳝、水鼠等敌害生物时，要及时采取措施进行消除。
