小龙虾整个体内分为消化系统、呼吸系统、循环系统、.排泄系统、生殖系统、肌肉运动系统、神经系统、内分泌系统八大部分。
(1)消化系统小龙虾的消化系统是由口、食道、胃、中肠、后肠、肛门构成的管道，贯穿于头胸部和腹部。胃食道和后肠源于外胚层，肠内壁被有几丁质壳，中肠较短，具有分泌多种消化酶的功能。肛门开口于尾节腹面与第6腹节相邻和尾部交接处。在中肠处具有一大的消化腺—肝胰脏，肝胰脏是虾类最大的消化酶分泌器官，可分泌与食物消化有关的多种水解酶。同时它也是重要的贮存器官，在肝胰脏内有贮藏蛋白质颗粒、脂肪颗粒和无机物的不同类型的贮藏细胞。其中贮藏钙、磷颗粒的细胞最多，在小龙虾蜕皮周期中具有充当无机元素的转运库和贮藏库的作用。
(2)呼吸系统 小龙虾具有8对鳃，包在头胸甲的两侧，通过鳃丝的摆动形成水流同外界进行气体交换。每个鳃丝上分布着许多鳃小片，上面密布血管网，外界的氧穿透血管壁与铜蓝蛋白结合，同时会释放出二氧化碳。鳃可以吸收水中的金属离子和调节渗透压。小龙虾的呼吸系统较为特殊，离水后保持体表一定的温润性，可成活数天。
(3)循环系统 虾类属开放性循环系统，由位于肝胰脏后侧的心脏以及血管和血窦组成。心脏将血液泵向身体各处的血窦，再至各组织器官。血液是无色的，由血浆和变形虫状的血球组成，直接携带氧的是铜蓝蛋白。血液凝血功能强，由心脏抽出的血液在30秒钟内便凝成淡蓝色的血块。
(4)排泄系统 小龙虾头部大触角基部内有一对绿色腺体，在其后各有一膀胱，由排泄管通向大触角基部，开口于体外。
(5)生殖系统 小龙虾是雌雄异体，雌虾有一个卵巢，呈Y型，位于胃的后方、心脏之前、肝胰脏之上，后部分成相连的两叶，中部两侧各引出一条输卵管，分别汇集开口于第5步足基部内侧，开口处为生殖孔。雄虾有一个精巢，呈白色线状，所在部位同卵巢，但输精管只有左侧一根，开口于第3步足基部内侧，开口处为生殖孔。精巢的大小和颜色随着繁殖季节的到来而变化：未成熟的精巢呈白色细条状，成熟的精巢呈淡黄色的纺锤形，后者体积较前者大数倍到数十倍不等。生殖系统的作用是雌雄交配、产卵、繁衍后代。
(6)肌肉运动系统 小龙虾的肌肉运动系统由肌肉和甲壳组成，甲壳又被称为外骨骼，起着支撑的作用，在肌肉的牵动下起着运动的功能。
(7)神经系统 小龙虾神经系统是由位于头部的脑神经节、食道神经环和纵行于腹部的神经索组成。腹神经索在每个体节中各有一对膨大的神经节。
(8)内分泌系统 小龙虾眼柄基部有触角腺和绿腺，是重要的内分泌器官，可分泌不同的激素，对生殖、蜕皮和水盐代谢起着调节作用。
