秋季是虾田（塘口）集中改底消毒杀菌的时候，同时也是集中肥水培藻的时候。
秋季虾田的的整体生态状况以及处理方法：
1，翻耕晒田：秋季气温越来越凉爽，而且小龙虾的捕捞活动已经接近尾声，水稻收割完毕之后，需要晒田，小龙虾大部分已经落沟。这个时候应该是9月左右，中稻收割之后，要用旋耕机将稻田种植区深耕即便，目的是将稻茬连根拔起，将土壤翻出来，充分曝气，这样在客观上能够氧化杀死土壤里面一部分细菌和寄生虫，消化重金属残留物和农药残留物的部分毒性，而且能够氧化有机质。至于要晒多久的天，日期不是固定的。只要能够保证虾田浅水区能够走人不陷脚就行。
2，生石灰清塘：田晒好之后，接下来就要开始使用生石灰进行改底消毒杀菌了，由于大半年的喂养投食和捕捞等活动，尤其是高温天气下，虾田里聚集了大量的有机物和淤泥，这个时候使用生石灰来集中清塘，能够达到杀死一切细菌和其他有害物质的效果，注意这时候环沟里面的小龙虾已经绝大部分进洞了，使用生石灰基本上不会对它们造成破坏性的影响，而且使用生石灰还能够为虾田清除野杂鱼和鱼卵，可以说是一举多得。
3，肥水培藻培菌：生石灰清塘之后，一般过一个星期左右，才能进行肥水，由于清塘是无差别的改底净水，所以它也清除了虾田里的所有有益菌和藻类，在这种情况下需要人工肥水来培藻培菌。一般养殖户在这个时候都会使用多种方式综合起来肥水，以发酵好的鸡粪为主，同时配合虾田底部的稻茬以及复合肥，来达到快速肥水的目的，这样可以培育大量的浮游动物和藻类，为以后出洞活动觅食的幼虾提供了充足的天然饵料。
4，水体保温：秋季入冬前后，由于气温逐渐降低，需要给水体增温，虽然大部分小龙虾都进洞了，但是在气温暖和的日子里，还有部分小龙虾会出来活动觅食，这种情况下必须提高水位来达到为水体增温的目的，防止出洞活动的小龙虾冻死，同时最好管理好伊乐藻，因为伊乐藻作为冷水水草，是唯一的低温天气下生长存活的水草，这样可以解决秋冬季低温天气下水中无草的难题。
总结：
总的来说，秋季虾田管理工作主要集中在改善水质，以及肥水培藻培菌和为水体保温这几方面，这样能够基本确保小龙虾尤其是幼虾安然过冬，以及开春有天然饵料吃，并且能够杜绝青苔爆塘的情况发生。
